Normalerweise wird deine.cfg erst danach geladen. Somit wird dann alles überschrieben mit deiner Config wie du es haben willst.
Sollte dem nicht so sein siehst du das recht leicht daran das z.B. Netsettings für 128 nicht im Netgraph zu sehen sind. Kommt aber eigentlich nur vor wenn noch etwas vom Spiel nachgeladen wird.
Über exec deineconfig in die Console hast du aber wieder alles was du an Bindings haben willst.
Die Bindings sollten dann auch in der Default-Config automatisch überschrieben werden sofern sie nicht schreibgeschützt ist.